xmupadでX版のMuPAD が起動します。
mupadでターミナル版の MuPAD が起動します。 グラフを書くときには X版が便利ですが、 ターミナル版は場所をとらないのでこまわりがききます。 しかも、補完機能をもったヒストリ機能が使えます。 (ちょっと宣伝:ここらあたりの使い心地はwindows 版や Mac 版よりも Linux 版の方が数段優れています。可能な方は Linux をインストールして Linux 版を入れてみて下さい。 (FreeBSD などをインストールして Linux emulation で 動かしてもいいかもしれません。))
場合によって使い分けると良いでしょう。
quit;と打つと終ります。
MuPAD 2.0 以降では xmupad などの GUI 版は quit; では 終らないようになったようです。 すなおにメニューから終了(File → exit)を選択するのがいいでしょう。